In einer selbstverwalteten Schule bestimmt das Kollegium die Organisationsstruktur und den Unterrichtsablauf und nicht das Ministerium oder Schulamt.
Die Freie Waldorfschule Jena wird getragen von dem Verein Waldorfpädagogik Ostthüringen e. V.
Alle Eltern unserer Schüler sollten Mitglied im Trägerverein werden. Zu dem Verein gehören außer der Jenaer Waldorfschule noch der Kindergarten in Jena und die Waldorfschule Gera.
Der Vorstand
Im Gesamtverein tragen drei pädagogische Vorstände (für jede Einrichtung einer)
und ein kaufmännischer Vorstand gemeinsam die rechtliche und wirtschaftliche Verantwortung.
Der Aufsichtsrat
Der Aufsichtsrat ist in alle grundlegenden Entscheidungen des Vereins einbezogen und besteht aus jeweils einem Mitarbeiter und einem Elternteil aller drei Einrichtungen.
Dazu kommen drei Personen von außerhalb des Vereins.
Intern hat sich jede Einrichtung ihre eigene Struktur gegeben.