Die geistige Grundlage der Waldorfpädagogik in Jena liegt im Zweig der Anthroposophischen Gesellschaft und der Christengemeinschaft, die beide in den 1920er Jahren gegründet wurden. Nach dem Verbot der Christengemeinschaft 1941 wurde sie nach 1945 bald neu aufgebaut, 1980 wurde die Markuskirche als erste freistehende Kirche der Christengemeinschaft in der DDR geweiht. Im Religionsunterricht und in Ferienfreizeiten arbeitete man mit den Kindern und Jugendlichen nach waldorfpädagogischen Ansätzen. So gab es nach der „Wende“ genügend Menschen, denen die Waldorfpädagogik vertraut war und die sie für ihre Kinder verwirklichen wollten.
Außerdem suchten damals viele Menschen nach einer neuen Pädagogik. Man wollte ‚freie’ Schulen und auf einer der Diskussionsveranstaltungen wurde auch die Waldorfpädagogik vorgestellt. So bildete sich Anfang 1990 aus beiden Strömungen eine Initiative und die Freie Waldorfschule wurde 1991 in der alten Dorfschule Göschwitz mit einer 1. Klasse eröffnet.
Die Waldorfschule Ulm unterstützte von Anbeginn tatkräftig die Initiative in Jena. Das 2. Jahr begann gleich mit vier Klassen (1; 2; 3/4 und 5), und Eberhard Balle kam als Gründungslehrer aus Ulm nach Jena und übernahm die 5. Klasse.
1996 führte er mit seiner nunmehr 8. Klasse das Stück „Das Leben ein Traum“ von Pedro Calderon im Saal des neu entstandenen Pavillons auf. Damit war die achtjährige Klassenlehrerzeit zu Ende und Schüler und Schule bereit für die Oberstufe.
Mit dem Wachsen der Schule waren auch wichtige Bauprojekte verbunden. Auf dem Innenhof wurden Baracken oder Pavillons zusammen mit einem Saal erbaut. Bald wurde die Unterstufe zusammen mit dem neu entstandenen Kindergarten als Gast in frei gewordenen Schulräumen in Winzerla untergebracht.